Sergio Berni fue citado a declarar como imputado en la causa que investiga la muerte del fiscal Alberto Nisman. El juez Julián Ercolini, tras la solicitud del fiscal Eduardo Taiano, lo acusa de incumplimiento de los deberes de funcionario público debido a las irregularidades ocurridas en la escena del crimen en enero de 2015.

Berni, entonces secretario de Seguridad, estuvo presente en el departamento de Nisman en Puerto Madero la madrugada en que se halló el cuerpo. Según la fiscalía, más de 60 personas, incluidos agentes de seguridad y de inteligencia, ingresaron al lugar sin respetar los protocolos, contaminando evidencias clave. Entre las irregularidades destacan la manipulación de pruebas como el celular y la pistola de Nisman, la falta de preservación de huellas dactilares y la omisión de revisar accesos al departamento que podrían haber sido relevantes.

El fiscal señaló que Berni habría ordenado el ingreso de altos mandos de la Policía Federal y Prefectura, quienes también fueron imputados. Además, se reveló que Berni mantuvo 31 comunicaciones telefónicas con la entonces presidenta Cristina Fernández de Kirchner esa noche, y que las autoridades judiciales no fueron notificadas de manera adecuada en los momentos iniciales del hallazgo.